Las piscinas naturalizadas se componen de dos zonas específicas: una de baño, que corresponde en torno al 80% del total del espacio y otra de regeneración, que es el espacio en el que tiene lugar el bio-filtrado. Ambos se encuentran separados por un muro, pero es el la zona de regeneración donde se produce la actividad principal.

Este área tiene que constar de un mínimo de 25 m² y una profundidad de unos 2m. Entonces, se desarrollará correctamente el bio-filtrado, el cual consiste en la transformación de la suciedad por parte de las bacterias en materia nutritiva para los vegetales.

Para que el trabajo de los agentes biológicos sea óptimo la temperatura del agua no debe ser excesivamente baja. Si las condiciones climatológicas son adversas, podremos solucionar el problema colocando un sistema de calefacción con placas solares o suelo radiante. De este modo, también mantendremos la temperatura del agua agradable para el baño.